第38章 ——佩恩入侵
千手镜将六尾人柱力羽高的情报递给了五代火影千手纲手，镜说道：“雾隐忍者村的六尾人柱力羽高早就已经叛逃了，目前羽高就躲藏在土蜘蛛一族的故地，土蜘蛛一族向木叶村递交了保护申请，请求木叶村派遣忍者保护土蜘蛛一族最后的一名宗家后裔，我怀疑晓组织对土蜘蛛一族也非常感兴趣，莹体内拥有的禁术和尾兽一样都属于禁忌之物，晓组织和土蜘蛛部落内的大人物勾结，意图夺取莹体内的禁术，因此，我建议派遣精锐忍者前去。”
五代火影千手纲手说道：“嗯，我清楚了，看样子你是不准备去一趟了吗？”镜说道：“村子里最近似乎有了一些异样，我想在村子里看看到底是什么动静。”五代火影千手纲手说道：“你有了新情报？”千手镜说道：“宇智波鼬临死前给我传回来了一封信件，信件中提及晓组织正在积极捕捉尾兽人柱力，目前四尾和五尾已经被晓组织捕捉，下一步可能会对六尾人柱力羽高进行捕捉，因此我决定在村子里静观其变。”五代火影千手纲手说道：“好，我立刻给第七班下达命令。”
新七班到土蜘蛛部落拯救拥有一族禁术的少女莹，因其体内藏有相当强大的禁术，因此和人柱力一样受到族人的排挤。而她的师父，能使出气泡忍术的叛忍泡沫也遭到追杀部队的纠缠。大家先是试图把莹体内禁术取出销毁，但莹却先一步落入敌手。
鸣人一众便和敌人交手，最后鸣人将敌方首脑打倒。而小莹的师父泡沫（六尾人柱力）也成功的用六尾的力量阻止了禁术的失控。最后莹终于被泡沫认可为弟子，一起离开村去修行。但是泡沫却在独自一人去和追杀部队谈判时遭遇佩恩，力战不敌被捕获。之后因六尾被封印而亡。
再次寻找佐助的踪影失败后，鸣人回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的噩耗。为此曾一度悲伤的他，因为伊鲁卡和鹿丸的鼓励，而再度重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号；可惜的是毫无头绪。为了替自来也报仇，他决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的“仙术”训练。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，深作将自来也的遗作——《坚毅忍传》交给鸣人。
鸣人基本掌握了深作所授的“蛙组手”和仙术。深作告诫鸣人有关仙人模式的缺点，就是只能维持5分钟左右；而且每一次使用前，需经一段时间、在静止的状态下吸取足够的自然力量。这样就很容易成为敌人的靶子，因此使用时必须有其他伙伴在旁边提供增援。但深作认为最有效的方法，就是与鸣人融为一体，分担“动”和“静”两边的工作，不过，由于受到九尾的阻挠，融合并未成功（事后九尾承认是由于对鸣人和蛤蟆混在一起感到不满而故意阻挠）。
木叶遭到佩恩的袭击，佩恩由于得知鸣人在妙木山修行，继续攻击毫无意义，便用神罗天征摧毁了整个木叶，好在纲手及其蛞蝓保护了大家。鸣人等被志麻仙人通灵回满目疮痍的木叶村，佩恩六道齐聚准备捕捉九尾，鸣人得知卡卡西死讯，愤怒之下单挑六道。
鸣人的仙人模式加上新术仙法·风遁·螺旋手里剑，且在两位仙人的帮助下本是压倒性优势。但由于佩恩实力强大，费劲艰辛才打败五个佩恩，剩下天道尚存。深作仙人被天道杀死，鸣人的仙人模式解除，被天道擒获。天道试图摧毁鸣人的意志，一番谈话下，鸣人不置可否。雏田为救鸣人而出被天道打伤，鸣人误以雏田死亡，愤怒之下爆发九尾查克拉，现出八条尾巴，天道用地爆天星困住鸣人。
此时，神无名和千手镜等一众高级忍者都聚在一起，神无名首先问道：“前辈，不准备动手救下鸣人吗？”镜说道：“我想看看四代火影波风水门到底给鸣人留下了什么样的东西，鸣人想要真正获得村子的认可，必须当一回力挽狂澜的英雄才行啊！”白云叶山问道：“你打算就这么一直看下去？”镜说道：“怎么可能呢？六道佩恩就剩下天道存在了，但是晓组织的忍者们还都活着呢！”神无名说道：“我去。”
神无名利用瞬身术消失在聚集点，白云叶山说道：“瞬身止水！果然不凡啊！”千手镜说道：“瞬身止水再加上乌鸦宇智波鼬、魔镜宇智波泉奈，应该足够了。”
鸣人在九尾怂恿下准备揭开封印之时，三代目封印的查克拉现身阻止，鸣人才得知自己的身世，四代与鸣人交谈后重新封印九尾，并消失。鸣人脱离地爆天星的束缚，打败天道，并用逆向探查找到佩恩本体——长门。与鸣人的交谈中，长门被鸣人感化。放弃原定计划，决定将梦想托付给鸣人。期盼鸣人能够完成几代人的使命，之后因施展外道轮回天生之术耗尽生命而死。鸣人送走小南，回到木叶。
鸣人被卡卡西背回木叶，受到了木叶的盛大迎接，被当做英雄看待。从牙口中得知团藏下达了抹杀佐助的许可，鸣人向佐井询问有关团藏的真实身分，佐井却因为被下了封印不能提及此事。
一直没有出手的绝和带土一直等到零死亡的时候，都没有出手，只因为千手镜至始至终没有动手的缘故，绝和带土自认没有打败千手镜的能力，因此带土和绝都没有出手，绝看到了复活的宇智波鼬和宇智波止水、宇智波泉奈三名宇智波一族的忍者，绝问道：“秽土转生之术果然是一个了不得的忍术。”宇智波带土说道：“再厉害的忍术，都要看使用忍术的忍者。”绝默默地点点头，说道：“走了，时间够长了了吧！”宇智波带土轻声说道：“漩涡长门的轮回眼。”